Berdirinya Universitas Hindu Indonesia, berawal dari keinginan Para Majelis Agama Hindu membangun atau mengadakan asrama Pangadyayan (Perguruan Tinggi Agama) sebagai tempat untuk mempelajari dharma. Keinginan tersebut terdapat dalam suatu keputusan yang kemudian lebih dikenal dengan nama “Piagam Campuhan Ubud” dan tercetus pada pertemuan yang disebut “Dharmacrama” yang bertempat di campuhan Ubud, Kabupaten Gianyar, Bali.

Butir II Piagam Campuhan Ubud inilah yang menjadi titik tolak atau tonggak sejarah pendirian Perguruan Tinggi Agama Hindu dengan nama “Maha Widya Bawana” atau Institut Hindu Dharma (IHD). Cita-cita luhur tersebut dapat diwujudkan dua tahun kemudian yaitu pada tanggal 3 Oktober 1963, bertepatan pula dengan hari Purnama Kartika (Purnama Sasih ke 4). Pada hari yang bersejarah ini lahirlah Lembaga Pendidikan Tinggi Agama hindu yang pertama di bumi Nusantara ini.

Pada Awal berdirinya IHD hanya menagasuh dua fakultas yakni fakultas Agama dan kebudayaan serta Fakultas keguruan dan Ilmu Peniddikan Jurusan Biologi. Dibukanya dua fakultas ini sesuai dengan keinginan dan aspirasi yang berkembang ketika itu. Agama dan Kebudayaan merupakan dua aspek yang cukup penting untuk dilestarikan dan dikembangkan sehingga nantinya mampu menunjukan peran sertanya dalam kancah pembangunan Nasional. Sementara dibukanya fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Khususnya Jurusan Biologi dimaksudkan agar makna Kitab Usada (Ilmu Pengobatan Tradisional) semakin tergali dan dapat disebarluaskan di masyarakat.

Semakin tinggi animo masyarakat, menyebabkan pengelola IHD mulai mempertimbangkan untuk membuka fakultas-fakultas baru atau memodifikasi fakultas yang telah ada. Oleh karena itulah dibuka beberapa fakultas lagi guna menampung berbagai aspirasi yang berkembang di masyarakat.

Pada akhirnya IHD memiliki empat fakultas masing-masing: Fakultas Ilmu Agama, Fakultas Ilmu Pendidikan Agama, Fakultas Hukum Agama, dan Fakultas Sastra dan Filsafat Agama. Dengan empat fakultas ini, IHD semakin dikenal senagai pengelola Pendidikan tinggi yang berafiliasi agama Hindu. IHD berhasil melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi dengan sukses, baik dalam bidang pengajaran, penilitian, dan pengabdian pada masyarakat.

Namun demikian, setelah 30 tahun IHD berdiri, yang merupakan satu-satunya Lembaga Perguruan Tinggi Agama Hindu di Indonesia sampai saat itu belum bisa menghasilkan sepenuhnya para sarjana yang mampu menjawab perubahan dan tantangan zaman pada saat itu, sehingga mereka banyak yang kalah bersaing dalam pasaran tenaga kerja dengan para sarjana lulusan Perguruan Tinggi Lainnya. Hal ini mengakibatkan banyak sarjana IHD menjadi pengangguran.

Hendaknya disadari bahwa, pengelolaan Perguruan Tinggi akan menjadi sulit apabila mahasiswa yang dibina sangat minim. Ide untuk mengembangkan diri secara lebih terbuka dan dapat menampung aspirasi yang lebih bervariasi mulai muncul. Dalam konteks nasional pembangunan dilaksanakan didalam rangka pembangunan manusia Indonesia seutuhnya dan pembangunan seluruh masyartakat Indonesia. Dalam proses ini maka seluruh lapisan masyarakat termasuk umat hindu, harus ikut secara aktif dalam perencanaan dan pelaksanaannya.

Usaha-usaha di dalam penguasaan ilmu pengetahuan, teknologi, keterampilan khusus, mutlak diperlukan tentunya tanpa bertentangan dengan nilai-nilai agama Hindu. Melihat hal itu, dan melihat juga latarbelakang berdirinya IHD yang semata-mata didorong oleh keinginan luhur dan kurangnya pembinaan terhadap umat Hindu di masa lalu, sudah sepantasnya dirubah bentuknya menjadi Universitas Hindu yang disesuaikan dengan perkembangan ilmu pengetahuan dan tantangan-tantangan yang semakin komplek dewasa ini.

Dan dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No. 75/D/O/1993 tertanggal 19 Mei 1993, maka secara resmi Universitas Hindu Indonesia (UNHI) berdiri di kota Denpasar.